Азовского моря включает в себя около 183 форм.
Так же как и в Балтийском, вследствие сильного опреснения в Азовском море обильно развиваются такие пресноводные сине-зелёные водоросли, как афанизоменон и анабена. Наряду с ними массовое развитие дают чисто морские перидинеи и диатомовые, как, например, экзувиелла, пророцентрум, гленодиниум из первых, и скелетонема, косцинодискус, ризосоления и хетоцерас из вторых. Во время весеннего цветения количество диатомовых достигает 7 г/м3, а во время осеннего количество перидиней доходит до 2 г/м3. Иногда в самое тёплое время года, когда вода Азовского моря становится похожей на «зелёные щи», биомасса фитопланктона достигает невиданных в морях количеств — 100 и даже 200 г/м3, причём почти целиком за счёт диатомовой водоросли (Rhizosolenia calcaravis), о которой нам придётся говорить и применительно к Каспийскому морю.
В более опреснённой части Таганрогского залива во время цветения планктон на 85–93% состоит из сине-зелёных водорослей (Microcystys и Aphani-zomenon).